Dr. Stone cuenta la historia de dos adolescentes, Senku y Taiju; Senku se caracteriza por ser sumamente inteligente,mientras que Taiju, no es tan inteligente como él, pero lo compensa con su gran fuerza física. Un dia después de clases, una luz enceguecedora de origen desconocido provoca que los seres humanos y las aves se conviertan en piedra. Tras 3700 años después de la petrificación de la raza humana se desarrolla esta historia.
Es el nuevo nombre para la Tierra miles de años después de que la humanidad desapareciera del mundo y se convirtiera en piedra. Sigue siendo el mundo anterior a la petrificación, reivindicado por la naturaleza y el tiempo. Las estatuas de los humanos están esparcidas alrededor del mundo.
Senku se libera de la capa de piedra que recubre su cuerpo, descubriendo que el ácido nítrico en el guano de murciélago mezclado con un 96% de alcohol destilado. Es el fluido milagroso que le ayudo a liberase de la petrificación.
Senku libera a Taiju con la formula milagrosa. Asi inician pruebas interminables durante más de un año para encontrar la fórmula correcta para la cura. Lo probaron en pájaros y sus plumas hasta que un día pudieron liberar a uno de ellos.